Pierwotnie Archiwum Archidiecezjalne mieściło się w budynku Kurii Metropolitalnej przy ul. Czarnieckiego 32 we Lwowie. Kiedy we wrześniu 1939 r. miasto zostało zajęte przez wojska sowieckie, nowe władze przejęły Pałac Arcybiskupi oraz sąsiadujące z nim budynki Seminarium Duchownego oraz Małego Seminarium. Archiwum Archidiecezjalne zostało upaństwowione i przeniesione do klasztoru OO. Dominikanów. Ówczesny metropolita lwowski, abp Bolesław Twardowski, już we wrześniu zarządził spalenie akt personalnych duchowieństwa archidiecezji lwowskiej, aby dokumenty nie dostały się w ręce Sowietów. Przez dwa dni palono archiwalia na dziedzińcu Seminarium Duchownego, zniszczono w ten sposób bezpowrotnie tysiące cennych pism dokumentujących historię Kościoła na Kresach. Seminarium Duchowne posiadało własne Archiwum oraz Bibliotekę. Klerycy opuszczając gmach seminaryjny zabrali akta ze sobą i ukryli w klasztorze OO. Franciszkanów Konwentualnych. Sam metropolita również został zmuszony do porzucenia Pałacu Arcybiskupiego i znalazł schronienie na plebani u XX. Misjonarzy św. Wincentego a Paulo.
W 1941 r. Lwów został zajęty przez wojska niemieckie. Kuria lwowska rozpoczęła starania o odzyskanie zarówno budynków, jak i cennych dokumentów zagrabionych przez Sowietów. Stopniowo udało się odzyskać budynek Kurii oraz Małego Seminarium, który od tej pory zajmowany był przez kleryków, przeniesiono tutaj również Archiwum i Bibliotekę seminaryjną. Niemcy zgodzili się oddać część akt Archiwum Archidiecezjalnego ale bez ksiąg metrykalnych. Akcję zwożenia dokumentów poprzedziło przygotowywanie pomieszczeń oraz regałów archiwalnych, ponieważ poprzednie wyposażenie uległo zniszczeniu. Dopiero w 1944 r. przewieziono akta z klasztoru OO. Dominikanów. Wciąż jednak trwała wojna i wiążące się z nią niebezpieczeństwo. Aby uchronić dokumenty przed ewentualnymi zniszczeniami, zarówno Archiwum Archidiecezjalne jak i Archiwum i Bibliotekę Seminarium Duchownego przeniesiono w podziemia kościoła seminaryjnego.
Po zakończeniu wojny Lwów znalazł się w granicach Związku Radzieckiego i rozpoczęła się tzw. akcja repatriacyjna Polaków. Wraz z wiernymi miasto opuszczali duchowni, zabierając ze sobą mienie kościelne: szaty liturgiczne, obrazy i figury świętych a także archiwa parafialne. Przed wojną w mieście funkcjonowało ponad 30 kościołów rzymskokatolickich, natomiast po 1945 r. działały już tylko 4: archikatedra lwowska, kościół św. Antoniego, kościół Matki Bożej Śnieżnej (do 1950 r.) oraz kościół św. Marii Magdaleny (do 1962 r.) Pozostałe zostały przekazane innym wyznaniom religijnym lub pełniły różne funkcje jak muzeum, magazyn czy szpital.
W październiku 1945 r. Archiwum Archidiecezjalne, wraz z włączonym do niego zespołem akt seminaryjnych, przewieziono w granice Polski. Akta rozlokowano w trzech miejscach:
- w klasztorze OO. Karmelitów Trzewiczkowych w Krakowie
- na plebanii kościoła Serca Pana Jezusa w Tarnowie
- oraz w klasztorze OO. Bernardynów w Kalwarii Zebrzydowskiej
11 lat później archiwalia zostały scalone i przewiezione do Katolickiego Uniwersytetu Lubelskiego, gdzie rozpoczęto właściwe porządkowanie, opracowywanie i mikrofilmowanie zasobu. W latach 1977-1978 akta przewieziono ponownie, tym razem do budynku Kurii Arcybiskupiej w Lubaczowie. W okresie 1995-2012 Archiwum mieściło się w Krakowie przy ul. Kanoniczej 13, natomiast od 2012 r., na mocy umowy pomiędzy Archidiecezją Lwowską a Uniwersytetem Papieskim Jana Pawła II, zasób archiwum został przejęty, w ramach depozytu, przez powyższą uczelnię i umieszczony w budynku uniwersyteckiej biblioteki przy ul. Bobrzyńskiego 10.
Alicja Kawa